Pada umumnya sistem pendidikan pesantren tidak mengenal jenjang kurikulum, silabus, dan sistem evaluasi. Akan tetapi, di Pondok Pesantren MIFTAHUL HUDA, UWA Ajengan telah mencoba sejak lama untuk mengembangkan sistem Salafiyyah menjadi pendidikan yang semi formal, dimana perjenjangan, kurikulum pengajaran, silabus, dan sistem evaluasi disusun berdasarkan jenjang pendidikan, yaitu dibagi menjadi tiga bagian : 1. Ibtida, 2. Tsanawy, 3. Ma'had 'Aly, masing- masing jenjang ditempuh selama 3 Tahun.

Masing-masing tingkatan dibagi menjadi tiga kelas yaitu kelas 1, 2 dan 3. Dan untuk tingkat Ma'had 'Aly dititikberatkan agar dapat mengajarkan kembali pelajaran-pelajaran yang sudah dipelajarinya dengan cara praktek mengajar dan berorganisasi Pesantren.

Kurikulum yang digunakan dalam kegiatan belajar mengajar adalah kurikulum yang sangat fleksibel yang disusun oleh KH. Choer Affandi. Kitab-kitab yang dipelajari diambil dari kitab kuning (klasik) yang disusun oleh para Ulama Salaf. Disamping itu juga ada beberapa sumber yang dibuat oleh KH. Choer Affandi.

Secara garis besar, kurikulum pendidikan di Pondok Pesantren MIFTAHUL HUDA lebih diarahkan kepada enam bidang pemahaman yaitu : 1. Aqidah, 2. Fiqih, 3. Ushul Fiqih, 4. al-Quran, 5. Tafsir, 6. Hadits, 7. Akhlaq, dan 8. Pelajaran umum yang sifatnya extra kurikuler.

'AQIDAH - Pemahaman dalam bidang pengetahuan 'Aqidah tentang penekanan pada aspek penghayatan. Kitab yang digunakan adalah : Tijan Addaruri, Kifayatul 'Awwam, Khulasoh Ilmu Tauhid, Majmu'atul 'Aqidah, Jauhar Tauhid, Ummul Barohin, Khoridatul Bahiyyah, 'Aqidah Islamiyyah.

BAHASA ARAB - Pemahaman tentang pengetahuan kebahasaan dan logika yaitu bahasa arab yang disebut Ilmu Grammar dan Ilmu Mantiq. Adapun kitab yang digunakan untuk pemahaman dalam bidang kebahasaan dan logika diantaranya : Kitab Jurumiyyah, Kitab Shorof Kailany, Kitab Amtsilatul Tasrif, Kitab Imriti, Kitab Alfiyyah Ibnu Malik, Kitab Sulamunaurok, dan lain-lain.

SYARI'AH - Pemahaman dalam bidang Syari'ah tentang penekanan pada aspek pengamalan Ibadah dan Mu'amalah (Fiqih), kitab yang digunakan antara lain : Safinah, Riyadlul Badi'ah, Fathul Qorib, Fathul Wahab, Fathul Mu'in, Kifayatul Akhyar.

USHUL FIQIH - Pemahaman dalam bidang Ushul Fiqih antara lain : Waroqot, Lathoiful Isyaroh, Ghoyatul Wushul, Jam'ul Jawami', Asbah Wannadzoir.

AL-QURAN & TAFSIR - Tafsir Jalalain dan Ibnu Katsir

HADITS - Pemahaman dalam bidang ilmu Hadits antara lain : Arba'in Nawawy, Riyadus-Sholihin, Bukhori, Muslim.

AKHLAQ - Pemahaman dalam bidang Akhlaq dan Tashowwuf yang penekanannya pada aspek perilaku. Adapun kitab yang dipelajarinya adalah : Akhlaqu Lilbanin/lilbanat, Sulamut-Taufiq, Ta'limul Muta'alim, 'Alajul Amrod, Kifayatul Atkiya, Su'bul Iman, Nasho`ihul 'Ibad, dan al-Hikam

EXTRA KURIKULER - Disamping itu, bagi santri yang sudah menduduki tingkat Ma'had 'Aly diberikan suplemen pelajaran lain yang diharapkan memberikan kontribusi terhadap materi pelajaran pokok seperti Ilmu Tarikh, Ilmu 'Arud Qowwafi, dan Ilmu Falaq. Selain kurikulum inti pelajaran di atas, terdapat pula pelajaran extra kurikuler yang meliputi bidang Managemen, Organisasi, Kepemimpinan (Leadership), Komputerisasi dan Ilmu Pengetahuan Umum lainnya yang dianggap perlu.